Individu dengan sindrom Asperger memiliki tingkat fungsi yang lebih baik daripada mereka dengan bentuk gangguan spektrum autisme lainnya. Meskipun gangguan sosial yang mendasarinya akan terjadi seumur hidup, beberapa perbaikan dalam fungsi sering terjadi melalui proses pematangan mental.
Individu dengan sindrom Asperger memiliki peningkatan risiko gangguan mood seperti depresi atau kecemasan. Tidak ada obat khusus yang digunakan untuk mengobati sindrom Asperger itu sendiri. Namun, obat-obatan dapat digunakan untuk mengobati gejala perilaku spesifik yang terkait dengan sindrom Asperger, terutama bila menyebabkan orang tertekan atau secara signifikan mengganggu fungsi pendidikan, karir, atau sosial.
Gejala perilaku ini bisa meliputi kecemasan, masalah perhatian, agresi, kekakuan perilaku, gangguan mood (terutama depresi), dan pola stereotip (pengulangan konstan gerakan atau gerakan tanpa makna) atau ketekunan (pengulangan berulang kata atau frasa yang tidak berarti). Penderita yang memiliki keluarga pendukung yang memiliki pengetahuan tentang kondisi tersebut cenderung memiliki prognosis yang lebih baik.
Banyak ahli menekankan aspek positif sindrom Asperger dan menganggapnya sebagai suatu karunia. Karakteristik positif orang-orang dengan sindrom Asperger tidak diragukan lagi bermanfaat dalam banyak profesi dan mencakup peningkatan kemampuan untuk berfokus pada detail dan berkonsentrasi dalam waktu lama.
Mereka yang menderita sindrom Asperger memiliki kapasitas untuk bertekun dalam kepentingan tertentu tanpa terpengaruh oleh pendapat orang lain, kemampuan untuk bekerja secara mandiri, pengakuan akan pola yang mungkin dilewatkan oleh orang lain, tingkat intensitas yang unik dan cara berpikir yang orisinil. Individu dengan keterampilan khusus, kemampuan, atau minat yang relevan dengan pekerjaan berbayar biasanya memiliki hasil yang lebih positif. Orang tua dan guru individu dengan sindrom Asperger harus secara kreatif membantu mereka menemukan talenta dan keterampilan.