Operasi ginjal untuk mengatasi batu ginjal biasanya hanya dilakukan apabila ukuran batu ginjal sangat besar yaitu diameternya melebihi 0,6 cm. Batu ginjal melebihi ukuran ini biasanya akan menyebabkan penyumbatan pada saluran kemih. Penanganan batu ginjal disesuaikan dengan lokasi batu dan juga ukuran batu ginjal.